Após sua humilhante derrota pelos digiescolhidos há 4 anos atrás, Myotismon não se dá por vencido e ressurge das trevas com um novo plano para se vingar dos digiescolhidos.
Com a ajuda de um aliado muito inteligente, o digimon Vademon, Myotismon cria um vírus no Digimundo muito poderoso que tem o poder de controlar e escravizar os digimons infectados.
O vírus é colocado dentro de digitamas sintéticos (os ovos que nascem os digimons) e são espalhados pelo mundo digital.



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Picklemon, o digimon guardião procura por ajuda dos digimons benfeitores, mas infelizmente todos eles estão infectados pelo poderoso vírus, sua única solução é contactar Veemon que estava no mundo real junto de seu parceiro digimon no momento da infecção, e que por sua vez não fora infectado.
 O objetivo de Veemon é destruir todos os digitamas infectados e acabar com Myotismon e seus aliados perversos.